Dżuma w Europie pojawiła się w październiku 1347 r. w sycylijskim porcie Messynie. Marynarzy z genueńskiej floty z Morza Czarnego, którzy powracali z okupowanego przez Tatarów portu Kaffa na Krymie, zastano w stanie agonalnym lub już martwych z powodu pozornie nowej choroby, którą uznano za karę zesłaną przez Boga. Od tej pory mór („pestilentia”, „pestis”, „magna mortalitas”, „czarna śmierć”), który w literaturze źródłowej rozumiany jest zazwyczaj jako każda choroba zakaźna o wysokim wskaźniku śmiertelności, niekoniecznie dżuma płucna, dymienicza czy posocznicza, rozpoczął swój triumfalny marsz na starym kontynencie, uzupełniając szeregi plag wyniszczających ludzkość lub regulujących przyrost naturalny i eksplozję demograficzną. Nierzadko poprzedzały go zła sytuacja pogodowa, tj. utrzymujące się przez szczególnie długi czas susze lub ulewne deszcze, słabe zbiory czy kryzysy żywieniowe, wynikające z rabunkowej uprawy ziemi, które upośledzały system immunologiczny przeciętnego człowieka i przyczyniały się do większej zapadalności na choroby. Przypadek Messyny rozpoczął cykl charakterystyczny dla epidemii, które szalały w miesiącach letnich i wczesnej jesieni, a ustępowały na okres zimy po to, by na wiosnę wybuchnąć z nową siłą.

Z portu zaraza przedostała się dość szybko na cały Półwysep Apeniński, a stamtąd na stały ląd. W ciągu tych paru lat (1347-1351) objęła zarówno Francję i Półwysep Iberyjski, jak i wyspy brytyjskie wraz z Irlandią oraz tereny dzisiejszej Rosji. Uczeni, którzy wraz z rzeszą lekarzy, ludzi Kościoła i władców usiłowali znaleźć wiarygodną przyczynę morowego powietrza i jak najściślej obliczyć straty demograficzne, nierzadko puszczali wodze fantazji, lecz liczbę ofiar 42.836.486, podawaną przez niektóre źródła, należy uznać za znacznie przesadzoną. Szacuje się, że pandemia dżumy pochłonęła niemalże jedną trzecią ówczesnego społeczeństwa europejskiego. Według danych papieża Klemensa VI (1291-1352) było to ok. 23.840.000 ofiar spośród całkowitej liczby 75 milionów.

„Czarna śmierć” nie była z pewnością całkowicie nieznaną chorobą. Dżumę znano już zarówno w czasach biblijnego Izraela (Ps 91,6; Wj 12,29; 2 Krl 19,35; Jr 15,8), wśród ludów Starożytnego Wschodu, w Atenach (430-426 r. przed Chrystusem), za czasów Justyniana I Wielkiego (541-542 r. po Chrystusie), jak i w pierwszym tysiącleciu, m.in. w roku 856 czy 874 na terytorium Galii i Germanii czy w roku 912, 945 i 993-994 na obszarze dzisiejszej Francji. Poszukiwanie koherentnej i wiarygodnej interpretacji moru sprowadzało się najczęściej do spoglądania w gwiazdy, wyjaśniania znaków na niebie, koniunkcji planet i pojawiających się komet, do wskazywania na trzęsienia ziemi, wybuchy wulkanów, na zatrucie powietrza, wody czy ziemi. Żadna z tych praktyk nie była doskonała, aczkolwiek stopniowo odkrywała prawdziwą przyczynę moru.

W roku od narodzenia Pana naszego, Jezusa Chrystusa, tysiąc trzysta czterdziestym ósmym, w sławnym mieście Florencji, klejnot miast włoskich stanowiącym, wybuchła zaraza morowa, sprowadzona wpływem ciał niebieskich, albo też słusznie przez Boga zesłana dla ukarania grzechów naszych. Mór zaczął się na kilka lat przedtem na Wschodzie i spowodował tam wielkie spustoszenia”, tymi słowami określił Giovanni Boccaccio pierwszą pandemię dżumy w Europie. Późniejsze świadectwa pozwalają wskazać na katalog rozmaitych przyczyn morowego powietrza, spośród których najistotniejszą eksplikacją jest teologiczne odniesienie do sprawiedliwego gniewu Pana, który zsyła karę na niewierny lud. Jest to tzw. causa moralis. Winą za taki stan rzeczy obarczony zostaje człowiek: jego zachowanie, myśli, czyny, relacja do Boga i bliźniego.

Według Manasse Stöckela, chirurga gdańskiego, „dżuma wprawdzie pochodziła od Boga, gdyż wynikała z Jego przyzwolenia, jednak jej główna przyczyna leżała w grzesznej kondycji człowieka, z powodu której Pan karał ludzkość strachem i przerażeniem lub tak wpływał na pogodę, iż ta w pewnym czasie mogła być szkodliwa dla zdrowia”. Konsekwencją takiego status quo była kara Boska, pełniąca funkcję pedagogiczną per se, tj. wychowująca człowieka do życia w świętości i bojaźni Bożej. Szczere nawrócenie i gorąca modlitwa o łaskę i przebaczenie oraz podjęcie odpowiedzialności indywidualnej i kolektywnej były gwarantami odwrócenia plagi i zachowania zdrowia i życia.

Czynnikiem, który w istotny sposób przyczyniał się do rozprzestrzeniania epidemii, był według L. Fioravantiego, autora ordynacji Reglement und Ordnung der Pestilentz, opublikowanej we Frankfurcie nad Menem w 1632 r., 1) strach lekarzy, którzy nie podejmują się opieki medycznej nad chorymi, 2) strach przed infekcją u wszystkich tych, którzy w pośpiechu opuszczają rodzinę i przyjaciół i barykadują się w domach, 3) brak odwagi i smutek, jak i słabość charakteru oraz 4) ucieczka przyjaciół i służby. Wśród teorii etiologicznych dżumy miały się znaleźć również surowe zimy, wojny, ubóstwo, brak żywności i nieczyste powietrze.

Dość powszechnym tłumaczeniem były tzw. „humores”, czyli temperamenty ludzkie, określone uprzednio przez Hipokratesa i będące w konkretnych kombinacjach szczególnie podatne na zachorowania, a także liczne teorie miazmatów. Najprostszy opis tego zjawiska znajduje się m.in. u Marcina Sokołowskiego w jego "Promotorium albo o morowym powietrzu", wydanym w Kaliszu w 1679 r.:

Powietrze to jest jadowita para, która od zapowietrzonego na powietrzu się rozwiewa. A tak, gdy zdrowy człowiek na tę jadowitą parę trafi albo też z którym zapowietrzonym gadając dech z ust zapowietrzonego na siebie zdrowego pójdzie, i tak się uchwyci szat, i po tym przeciśnie się per peros w ciało, które tak zapala i zaraża, iż krew zarażona przecisnąwszy się do serca zamoży człowieka.

Podobne informacje znajdują się również u Sebastiana Śleszkowskiego:

Tak przebiegającą chorobę nazwał ‘zarazą publiczną, którą powietrzem morowym właśnie zowiemy, jest choroba pospolita wszczynająca się od zarażenia powietrza mającego w sobie zmazy, które wpuszczają w ciała ludzkie, w których zgniłość do takiego stopnia przychodzi, że zaraźliwe tchnienie ma, siłom i żywotowi ludzkiemu wszystkiej substancji złością wewnątrz wziętą szkodliwe i przeciwne, a pokazują się niemal zawsze wrzodem ognistym nazwanym łacińskim językiem carbunculus albo dymienica’.

Śmiertelne dla człowieka cząsteczki pochodzić miały albo od osób zarażonych i miejsc, w których oni przebywali, albo z terenów, gdzie jak wierzono owe miazmaty powstawały (bagna, cmentarze, jaskinie). W nowożytnych traktatach medycznych najczęściej mówiono o niebezpieczeństwie wynikającym z kontaktu z chorymi oraz o możliwości zarażenia się od przedmiotów, które ze względu na swoją strukturę mogły przechowywać ‘jadowitą parę’. Wszyscy nowożytni lekarze radzili unikać osób chorych oraz przybyszów z innych miast, którzy na pozór zdrowi mogli już nosić w sobie chorobę.

Epidemie powracały średnio co parę lat, siejąc strach i spustoszenie, niszcząc więzy rodzinne, naruszając porządek społeczny i wprowadzając nieład organizacyjny. W krajach europejskich dżuma pozostawała aktywna m.in. w latach 1359-1361, 1369-1372 i 1380-1383, 1449, 1460, 1473 i 1482-1483, następnie 1521-1527 we Francji i Włoszech, 1545-1547 ponownie we Francji, 1562-1566, 1575-1582, 1596-1602 w Czechach, Austrii, na Węgrzech, we Francji, Anglii oraz Hiszpanii, a także w Niemczech i Rosji. W pierwszej połowie XVII wieku epidemie chorób zakaźnych towarzyszyły przede wszystkim Wojnie Trzydziestoletniej (1618-1648), która objęła większość Europy, a także późniejszym wojnom szwedzko-polskim i północnym (około roku 1660 oraz 1667-1669 we Francji, 1678-1681 w Austrii, Czechach, Hiszpanii i Maroko). W 1702 r. epidemia wybuchła w Konstantynopolu, stamtąd dotarła na Ukrainę, a dalej do Polski, Węgier i Czech. Była to ostatnia fala morowego powietrza, bowiem przyjmuje się, że ostatnie ognisko zapalne pojawiło się w Marsylii w 1720-1722 r., w wyniku którego zginęło ok. 50.000 ludzi.

Nowożytny Gdańsk, stanowiący przedmiot badań pracy doktorskiej, dotknięty został epidemią czarnej śmierci w latach 1352 (13.000 ofiar), 1427, 1450, 1454, 1464 (20.000), 1509, 1513-1514, 1529, 1538, 1549 (ok. 20.000), 1564 (24.000 lub nawet 33.884), 1580, 1587-1588, 1601 (1.800), 1602 (16.723 lub 18.723), 1620 (11.900), 1624 (10.536), 1639-1640 (7.400), 1653 (11.116 lub 11.600), 1657 (7.569), 1660 (5.515), 1661, 1662. Różnice w szacunkowej liczbie ofiar śmiertelnych wynikają głównie z rozbieżności w materiale źródłowym, ze swobodnego wyboru relacji i świadectw, dokonanego przez historiografów, oraz z braku statystyk demograficznych dla miasta Gdańska, których rzetelnym opracowaniem zajął się przede wszystkim Michael Christoph Hanow, aczkolwiek dopiero w XVIII wieku.

[Na podstawie: L. Górska, Dżuma – epidemia duszy i ciała? Sposoby zwalczania dżumy w nowożytnym Gdańsku, w: Studia Humanistyczne Wydziału Farmaceutycznego Akademii Medycznej we Wrocławiu Nr 3 („Człowiek wobec choroby”), red. B. Płonka-Syroka, Wrocław 2010, s. 279-309.]